Resumen

Antecedentes: Los estudios de asociación entre casos y controles en la búsqueda de polimorfismos de una sola base (SNPs) se han utilizado ampliamente en ensayos genéticos. El método de pirosecuenciación se basa en la cuantificación del pirofosfato que se libera como resultado de la incorporación de nucleótidos en un templado amplificado. Tiene las ventajas de su exactitud, flexibilidad, automatización y rapidez cuando se compara con el método de reacción en cadena de la polimerasa con el de polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados (PCR-RFLP). Objetivo: Desarrollar un protocolo para la determinación del polimorfismo de la posición -31 del gen de la interleucina-1b (IL-1b) empleando la tecnología de pirosecuenciación. Métodos: Se estudiaron 162 pacientes (F:M = 0.93) que fueron enrolados en el Hospital Universitario “Dr. José Eleuterio González”. De los pacientes estudiados, 123 (75.9%) presentaban dispepsia no ulcerosa y 39 (24.1%) tenían cáncer gástrico confirmado histológicamente. El polimorfismo en la posición -31 se determinó por el método de PCR-RFLP y por pirosecuenciación. Se emplearon las mismas secuencias de iniciadores para la PCR- RFLP y para la pirosecuenciación. Para la PCR-RFLP se empleó la endonucleasa de restricción Alu1 y para la pirosecuenciación se diseñó un iniciador de secuencia específico. Resultados: De las muestras estudiadas, 157 (96.9%) fueron claramente genotipificadas por el método de pirosecuenciación y los resultados fueron los mismos por el método de PCR-RFLP. En cinco (3.1%) muestras no se obtuvo el mismo resultado tanto por RFLP como por pirosecuenciación: dos de ellas fueron TT y dos fueron CT por el método de secuenciación y las cuatro fueron C/C por el método de PCR-RFLP. La muestra restante fue C/C por el método de secuenciación y T/T por el método de RFLP. Conclusión: La pirosecuenciación es una técnica adecuada para la genotipificación del gen IL-1b, ya que es rápido y económico en consideración de la cantidad de ADN empleada y los reactivos necesarios para la obtención de resultados. El protocolo desarrollado es útil para la tipificación del polimorfismo –31 de la IL-1b.

Palabras clave: Citocinas pirosecuenciación secuenciación Helicobacter pylori cáncer gástrico interleucina-1b.

2007-04-20   |   5,272 visitas   |   1 valoraciones

Vol. 72 Núm.1. Enero-Marzo 2007 Pags. 10-14 Rev Gastroenterol Mex 2007; 72(1)